У файлі /bitrix/php_interface/dbconn.php встановити константу 

define("BX_USE_MYSQLI", false) 


У файлі /bitrix/.settings.php змінити клас з'єднання з базою на MysqlConnection: 


'connections' => 
array (
  'value' => 
  array (
    'default' => 
    array (
   'className' => '\\Bitrix\\Main\\DB\\MysqlConnection',